Une des particularités de l'ancienne Bibliothèque interuniversitaire est de posséder un fonds religieux important indépendamment des ouvrages dont nous avons déjà parlé. Il s'agit d'une partie de l'ancienne bibliothèque de la Faculté de théologie protestante de Montauban dont les collections ont été partagées après 1905 entre les bibliothèques de Toulouse et Montpellier. Ce fonds important représente environ 18.000 volumes consacrés pour une grande part à l'histoire religieuse, la théologie et la controverse. Mais il se révèle cependant riche dans de nombreux autres domaines : histoire, archéologie, voyages, littérature gréco-latine, philosophie et même sciences et médecine. Certains ouvrages proviennent de dons faits à la faculté par André Jean Bon Saint-André (1749-1813) et Jacques Antoine Rabaut-Pommier (1744-1820) dont les cachets figurent sur plusieurs pages de titre. L'ensemble de ce fonds recouvre des éditions du XVIème siècle au début du XXème.
Son principal avantage est de rassembler des éditions diverses des oeuvres des protagonistes de la Réforme comme Calvin, Luther, Melanchton., Théodore de Bèze ainsi que de nombreux ouvrages de polémique religieuse (La chasse de la beste romaine, 1611 ; Histoire des témoins de la vérité de l'Evangile 1570...), et d'être ainsi un fonds de premier ordre pour l'étude du protestantisme depuis ses origines ainsi que pour l'histoire des religions de différents pays. Fonds théologique, il comprend bien sûr de nombreuses éditions, commentées ou non, des écritures saintes parmi lesquelles une place doit être faite à la magnifique Bible Royale en quatre langues sortie des presses de Plantin à Anvers en 1571, chef-d'oeuvre de l'édition religieuse de la Contre-Réforme. Il convient de mentionner également la très belle série d'impressions en caractères hébraïques des différents textes de l'Ancien Testament dues aux Estienne et un beau Talmud babylonien en seize volumes imprimé à Amsterdam au XVIIème siècle.
Une édition des évangiles en arabe et en latin sortie des presses médicéennes de Rome en 1591 est ornée de bois attribués à Tempesta et Parasoli.

L'histoire profane occupe également une place importante dans le fonds Montauban (vies des empereurs romains, vies des rois de France, histoires de différents pays européens) ainsi que l'archéologie pour laquelle on peut citer l'Antiquité expliquée et représentée en figures de Dom Bernard de Montfaucon (1719). le fonds comporte encore de nombreux modèles de reliures aux armes de Louis XIII et Louis XIV et un bel exemplaire des statuts de l'ordre du Saint-Esprit (Imprimerie royale, 1788). Le fonds présente aussi des récits de voyages et d'exploration comme ceux de Chardin en Perse ou Cook et Banks dans les mers australes ainsi que deux belles collections de périodiques anciens, le Mercure de France et La Gazette de France. Ainsi, et en dépit d'un caractère religieux fortement marqué, le fonds Montauban se révèle d'une grande diversité.