Le cabinet des manuscrits de l'ancienne Bibliothèque interuniversitaire est un peu la mémoire de l'alma mater toulousaine : au fil des pages des registres matricules, de baccalauréats ou de licences (conservés surtout pour les XVIIème et XVIIIème siècles) défilent des générations d'étudiants en droit, théologie ou médecine.
Les statuts de l'Université nous ont été conservés dans un fort volume parchemin du XVème siècle orné d'initiales peintes (Ms 1) mais le fleuron de cette collection est le registre des statuts de la corporation des compagnons ou écoliers en chirurgie de Toulouse commencé en 1596 (Ms 199127).
Ouvert par une miniature représentant les saints Côme et Damien en tenue de barbiers-chirurgiens du XVIème siècle, il contient un catalogue des armoiries des "abbés" que la corporation choisissait chaque année pour la présider, armoiries présentées dans des encadrements des plus maniéristes ou baroques et assorties de devises. Mais le passé universitaire toulousain n'est pas seul présent dans cette collection qui compte encore nombre de pièces intéressantes pour l'histoire de la ville ou du Languedoc : registre de comptes de l'église de la Dalbade à Toulouse (XVIIème siècle), registre du notaire de Lédergues dans l'Aveyron (daté de 1543), recueil de poésies et chansons gasconnes des XVème et XVIème siècles (retranscrites au XIXème) ou bien encore les papiers de Jacques Albert Lebègue (1845-1894) directeur de la Société archéologique du Midi de la France et relatifs aux fouilles de Martres-Tolosane.