La Bibliothèque universitaire de Toulouse est une création relativement récente puisqu'elle ouvre ses portes très exactement en 1879. Mais l'absence de passé prestigieux se trouve largement compensé par l'importance et la richesse de ses collections patrimoniales qui la placent aux premiers rangs des établissements de ce type en France. A travers elles, la moderne bibliothèque tend la main à l'antique université de Toulouse fondée en 1229 dont elle conserve une partie de l'héritage, notamment au sein de sa collection de manuscrits.

Les fonds patrimoniaux de l'ancienne bibliothèque interuniversitaire sont actuellement répartis entre trois bibliothèques du réseau toulousain:

La bibliothèque de l'Arsenal, située dans le centre de Toulouse, en conserve la majorité avec le cabinet des manuscrits (400 volumes), la réserve des imprimés (incunables, ouvrages précieux, fonds local, soit environ 6.000 volumes), le fonds de l'ancienne faculté de théologie de Montauban (18.000 volumes) et les fonds anciens de droit et lettres (75.000 volumes).

Le fonds ancien de médecine (5.000 volumes) quant à lui, est installé dans les locaux de la vieille faculté de médecine-pharmacie des allées Jules-Guesde. Inaugurés en 1891, ces bâtiments tranchent quelque peu sur le paysage architectural toulousain avec leur façade classique en grand appareil et leur toit à la Mansard. Ils enchâssent une fort belle salle de lecture aux chaudes boiseries datant du début du siècle.

Quant au fonds ancien de sciences (1.700 volumes), primitivement uni au précédent, il se trouve conservé à l'heure actuelle dans les locaux de la bibliothèque de sciences sur le campus de Rangueil au sud de Toulouse.

Le cabinet des manuscrits de l'ancienne Bibliothèque interuniversitaire est un peu la mémoire de l'alma mater toulousaine : au fil des pages des registres matricules, de baccalauréats ou de licences (conservés surtout pour les XVIIème et XVIIIème siècles) défilent des générations d'étudiants en droit, théologie ou médecine.
Les statuts de l'Université nous ont été conservés dans un fort volume parchemin du XVème siècle orné d'initiales peintes (Ms 1) mais le fleuron de cette collection est le registre des statuts de la corporation des compagnons ou écoliers en chirurgie de Toulouse commencé en 1596 (Ms 199127).
Ouvert par une miniature représentant les saints Côme et Damien en tenue de barbiers-chirurgiens du XVIème siècle, il contient un catalogue des armoiries des "abbés" que la corporation choisissait chaque année pour la présider, armoiries présentées dans des encadrements des plus maniéristes ou baroques et assorties de devises. Mais le passé universitaire toulousain n'est pas seul présent dans cette collection qui compte encore nombre de pièces intéressantes pour l'histoire de la ville ou du Languedoc : registre de comptes de l'église de la Dalbade à Toulouse (XVIIème siècle), registre du notaire de Lédergues dans l'Aveyron (daté de 1543), recueil de poésies et chansons gasconnes des XVème et XVIème siècles (retranscrites au XIXème) ou bien encore les papiers de Jacques Albert Lebègue (1845-1894) directeur de la Société archéologique du Midi de la France et relatifs aux fouilles de Martres-Tolosane.